Descarrega os "arquivos da AIH" (arquivos RD<UFAAMM>.DBC das Bases de Dados do Sistema de Informações Hospitalares do SUS - BD-SIH/SUS) do site FTP do DATASUS e classifica as internações segundo a Lista Brasileira de Condições Sensíveis à Atenção Primária.
Usage
fetchcsap(
anoinicio,
anofim = NULL,
mesinicio = 1,
mesfim = NULL,
uf = "all",
regiao = NULL,
periodo = "interna",
cep = FALSE,
cnes = FALSE,
...
)Arguments
- anoinicio
Ano de competência da AIH para início da seleção dos dados, em formato numérico; sem padrão.
- anofim
Ano de competência da AIH para fim da seleção dos dados, em formato numérico; por padrão é igual ao ano seguinte ao ano de início (
anoinicio + 1).- mesinicio
Mês de competência da AIH para início da seleção dos dados, em formato numérico; por padrão é 1.
- mesfim
Mês de competência da AIH para fim da seleção dos dados, em formato numérico; por padrão é 6 (junho). V. detalhes.
- uf
Unidade da Federação. A sigla da UF ou um vetor com as siglas das UF de interesse, entre aspas e em letras maiúsculas. Para todo o Brasil (padrão), use "all".
- regiao
Região administrativa do Brasil ("Grandes Regiões"). O padrão é
NULL. Se usado, deve ser uma entre "N", "NE", "SE", "S" e "CO".- periodo
O período definido refere-se ao mês e ano de "competência" da AIH ou à data de internação? O padrão (
"interna") é a internação. V. detalhes.- cep
CEP de internação.
- cnes
Código CNES do estabelecimento que gerou a AIH.
- ...
Permite o uso de outros parâmetros de
csapAIH.
Value
Um objeto de classes data.table e data.frame com as seguintes variáveis:
munresMunicípio de residência do pacientemunintMunicípio de internação do pacientesexoSexo do pacienteidadeIdade do paciente em anos completosfxetar5Faixa etária quinquenal (0-4, ..., 76-79, 80 e +)csapInternação por CSAP (sim/não)grupoGrupo de causa da Lista Brasileira de ICSAP, ou "não-CSAP"cidDiagnóstico principal da internação, segundo a Classificação Internacional de Doenças, 10ª Revisãodata.interData da internaçãodata.saidaData da alta
Details
- Período de download dos arquivos e de internação dos sujeitos.
Os "arquivos da AIH" são definidos por mês e ano de "competência", e não da data de internação. Assim, o arquivo de um determinado "mês de competência" pode incluir registros de internações ocorridas em outro mês ou ano, enquanto pode não incluir todos os casos ocorridos naquele mês. Por padrão,
fetchcsapusa o argumentoperiodo = "interna"para selecionar os casos por data de internação de acordo com o período definido nos argumentosanoinicio,mesinicioeanofim, de modo a iniciar no primeiro dia do ano e mês de competência (anoinicioemesinicio) e terminar em 31 de dezembro do ano anterior ao definido emanofim.Assim, por padrão, a função exige apenas a definição do ano de início dos casos. Se o usuário definir apenas esse argumento,
fetchcsapfará o download e leitura dos arquivos (de todo o Brasil) de todos os meses até junho do ano seguinte para então selecionar as internações ocorridas no ano definido emanoinicio.
- fetchcsap é apenas uma abreviatura para um uso específico da função fetch_datasus, do pacote microdatasus, de Raphael Saldanha. Funciona apenas com o SIH/SUS, através do argumento information_system = "SIH-RD", e faz apenas o download das variáveis exigidas pela função csapAIH, i.e., DIAG_PRINC, NASC, DT_INTER, DT_SAIDA, IDADE, COD_IDADE, MUNIC_RES, MUNIC_MOV, SEXO, N_AIH, PROC_REA, IDENT, CEP, CNES.
Examples
# Internações de todo o Brasil, ocorridas no ano de 2023 e registradas até jun/2024:
# Colocando apenas o ano, único argumento obrigatório, a função executa o
# download dos arquivos RD??????.DBC de todas as UF de jan/2023 a jun/2024 e
# então extrais apenas os registros com data de internação em 2023.
if (FALSE) { # \dontrun{
fetchcsap(2023)
} # }
# Diferença entre o mês e ano de "competência" da AIH e a data de internação da pessoa,
# exemplo com as internações no Acre:
# - todas as internações registradas no mês de competência jan 2023:
ac.comp <- fetchcsap(2023, uf = "AC", mesfim = 1, periodo = 'competencia')
#> ℹ Your local Internet connection seems to be ok.
#> ℹ DataSUS FTP server seems to be up and reachable.
#> ℹ Starting download...
#> Importados 4.165 registros.
#> Excluídos 1.179 (28,3%) registros de procedimentos obstétricos.
#> Excluídos 1 (0%) registros de AIH de longa permanência.
#> Exportados 2.985 (71,7%) registros.
nrow(ac.comp)
#> [1] 2985
summary(ac.comp$data.inter)
#> Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max.
#> "2022-07-17" "2022-11-27" "2022-12-26" "2022-12-14" "2023-01-10" "2023-01-31"
# - internações ocorridas em jan/2023 e registradas nos meses de competência
# janeiro a junho de 2023:
ac.int <- fetchcsap(2023, mesfim = 1, uf = "AC")
#> ℹ Your local Internet connection seems to be ok.
#> ℹ DataSUS FTP server seems to be up and reachable.
#> ℹ Starting download...
#> Importados 4.628 registros.
#> Excluídos 1.253 (27,1%) registros de procedimentos obstétricos.
#> Excluídos NA (NA%) registros de AIH de longa permanência.
#> Exportados 3.375 (72,9%) registros.
nrow(ac.int)
#> [1] 3375
summary(ac.int$data.inter)
#> Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max.
#> "2023-01-01" "2023-01-09" "2023-01-16" "2023-01-16" "2023-01-24" "2023-01-31"
# Assim, há
nrow(ac.comp) - nrow(ac.int)
#> [1] -390
# internações registradas naquele mês de competência, mas que ocorreram antes.
# Internações ocorridas na Região Norte no mês de janeiro de 2023 e registradas naquele mês:
fetchcsap(2023, mesfim = 1, regiao = "N")
#> ℹ Your local Internet connection seems to be ok.
#> ℹ DataSUS FTP server seems to be up and reachable.
#> ℹ Starting download...
#> ℹ Your local Internet connection seems to be ok.
#> ℹ DataSUS FTP server seems to be up and reachable.
#> ℹ Starting download...
#> ℹ Your local Internet connection seems to be ok.
#> ℹ DataSUS FTP server seems to be up and reachable.
#> ℹ Starting download...
#> ℹ Your local Internet connection seems to be ok.
#> ℹ DataSUS FTP server seems to be up and reachable.
#> ℹ Starting download...
#> ℹ Your local Internet connection seems to be ok.
#> ℹ DataSUS FTP server seems to be up and reachable.
#> ℹ Starting download...
#> ℹ Your local Internet connection seems to be ok.
#> ℹ DataSUS FTP server seems to be up and reachable.
#> ℹ Starting download...
#> ℹ Your local Internet connection seems to be ok.
#> ℹ DataSUS FTP server seems to be up and reachable.
#> ℹ Starting download...
#> Importados 90.711 registros.
#> Excluídos 20.833 (23%) registros de procedimentos obstétricos.
#> Excluídos NA (NA%) registros de AIH de longa permanência.
#> Exportados 69.878 (77%) registros.
#> munres munint sexo idade fxetar5 csap grupo cid data.inter
#> <char> <char> <fctr> <num> <fctr> <char> <fctr> <char> <Date>
#> 1: 110020 110020 masc 31 30-34 não nao-CSAP N288 2023-01-17
#> 2: 110020 110020 fem 63 60-64 sim g08 J441 2023-01-03
#> 3: 110020 110020 masc 68 65-69 sim g12 I64 2023-01-05
#> 4: 110020 110020 masc 34 30-34 não nao-CSAP B24 2023-01-21
#> 5: 110020 110020 fem 49 45-49 sim g01 B518 2023-01-23
#> ---
#> 69874: 171820 171820 fem 86 80 e + não nao-CSAP J18 2023-01-08
#> 69875: 170755 171820 masc 87 80 e + não nao-CSAP J18 2023-01-27
#> 69876: 171870 171610 masc 58 55-59 sim g13 E145 2023-01-25
#> 69877: 171610 171610 masc 9 5-9 sim g15 N390 2023-01-31
#> 69878: 170210 170210 fem 0 0-4 não nao-CSAP K564 2023-01-11
#> data.saida
#> <Date>
#> 1: 2023-01-20
#> 2: 2023-01-06
#> 3: 2023-01-12
#> 4: 2023-01-31
#> 5: 2023-01-31
#> ---
#> 69874: 2023-05-14
#> 69875: 2023-02-06
#> 69876: 2023-02-03
#> 69877: 2023-02-01
#> 69878: 2023-01-11