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Baixa os arquivos da AIH e classifica as internações em CSAP

Source: R/fetchcsap.R
fetchcsap.Rd

Descarrega os "arquivos da AIH" (arquivos RD<UFAAMM>.DBC das Bases de Dados do Sistema de Informações Hospitalares do SUS - BD-SIH/SUS) do site FTP do DATASUS e classifica as internações segundo a Lista Brasileira de Condições Sensíveis à Atenção Primária.

Usage

fetchcsap(
  anoinicio,
  anofim = NULL,
  mesinicio = 1,
  mesfim = NULL,
  uf = "all",
  regiao = NULL,
  periodo = "interna",
  cep = FALSE,
  cnes = FALSE,
  ...
)

Arguments

anoinicio

Ano de competência da AIH para início da seleção dos dados, em formato numérico; sem padrão.

anofim

Ano de competência da AIH para fim da seleção dos dados, em formato numérico; por padrão é igual ao ano seguinte ao ano de início (anoinicio + 1).

mesinicio

Mês de competência da AIH para início da seleção dos dados, em formato numérico; por padrão é 1.

mesfim

Mês de competência da AIH para fim da seleção dos dados, em formato numérico; por padrão é 6 (junho). V. detalhes.

uf

Unidade da Federação. A sigla da UF ou um vetor com as siglas das UF de interesse, entre aspas e em letras maiúsculas. Para todo o Brasil (padrão), use "all".

regiao

Região administrativa do Brasil ("Grandes Regiões"). O padrão é NULL. Se usado, deve ser uma entre "N", "NE", "SE", "S" e "CO".

periodo

O período definido refere-se ao mês e ano de "competência" da AIH ou à data de internação? O padrão ("interna") é a internação. V. detalhes.

cep

CEP de internação.

cnes

Código CNES do estabelecimento que gerou a AIH.

...

Permite o uso de outros parâmetros de csapAIH.

Value

Um objeto de classes data.table e data.frame com as seguintes variáveis:

  • munres Município de residência do paciente

  • munint Município de internação do paciente

  • sexo Sexo do paciente

  • idade Idade do paciente em anos completos

  • fxetar5 Faixa etária quinquenal (0-4, ..., 76-79, 80 e +)

  • csap Internação por CSAP (sim/não)

  • grupo Grupo de causa da Lista Brasileira de ICSAP, ou "não-CSAP"

  • cid Diagnóstico principal da internação, segundo a Classificação Internacional de Doenças, 10ª Revisão

  • data.inter Data da internação

  • data.saida Data da alta

Details

- Período de download dos arquivos e de internação dos sujeitos.

  • Os "arquivos da AIH" são definidos por mês e ano de "competência", e não da data de internação. Assim, o arquivo de um determinado "mês de competência" pode incluir registros de internações ocorridas em outro mês ou ano, enquanto pode não incluir todos os casos ocorridos naquele mês. Por padrão, fetchcsap usa o argumento periodo = "interna" para selecionar os casos por data de internação de acordo com o período definido nos argumentos anoinicio, mesinicio e anofim, de modo a iniciar no primeiro dia do ano e mês de competência (anoinicio e mesinicio) e terminar em 31 de dezembro do ano anterior ao definido em anofim.

  • Assim, por padrão, a função exige apenas a definição do ano de início dos casos. Se o usuário definir apenas esse argumento, fetchcsap fará o download e leitura dos arquivos (de todo o Brasil) de todos os meses até junho do ano seguinte para então selecionar as internações ocorridas no ano definido em anoinicio.

- fetchcsap é apenas uma abreviatura para um uso específico da função fetch_datasus, do pacote microdatasus, de Raphael Saldanha. Funciona apenas com o SIH/SUS, através do argumento information_system = "SIH-RD", e faz apenas o download das variáveis exigidas pela função csapAIH, i.e., DIAG_PRINC, NASC, DT_INTER, DT_SAIDA, IDADE, COD_IDADE, MUNIC_RES, MUNIC_MOV, SEXO, N_AIH, PROC_REA, IDENT, CEP, CNES.

See also

csapAIH, fetch_datasus

Examples

# Internações de todo o Brasil, ocorridas no ano de 2023 e registradas até jun/2024:
# Colocando apenas o ano, único argumento obrigatório, a função executa o
# download dos arquivos RD??????.DBC de todas as UF de jan/2023 a jun/2024 e
# então extrais apenas os registros com data de internação em 2023.
if (FALSE) { # \dontrun{
  fetchcsap(2023)
} # }
# Diferença entre o mês e ano de "competência" da AIH e a data de internação da pessoa,
# exemplo com as internações no Acre:
# - todas as internações registradas no mês de competência jan 2023:
ac.comp <- fetchcsap(2023, uf = "AC", mesfim = 1, periodo = 'competencia')
#> ℹ Your local Internet connection seems to be ok.
#> ℹ DataSUS FTP server seems to be up and reachable.
#> ℹ Starting download...
#> Importados 4.165 registros.
#> Excluídos 1.179 (28,3%) registros de procedimentos obstétricos.
#> Excluídos 1 (0%) registros de AIH de longa permanência.
#> Exportados 2.985 (71,7%) registros.
nrow(ac.comp)
#> [1] 2985
summary(ac.comp$data.inter)
#>         Min.      1st Qu.       Median         Mean      3rd Qu.         Max. 
#> "2022-07-17" "2022-11-27" "2022-12-26" "2022-12-14" "2023-01-10" "2023-01-31" 
# - internações ocorridas em jan/2023 e registradas nos meses de competência
# janeiro a junho de 2023:
ac.int <- fetchcsap(2023, mesfim = 1, uf = "AC")
#> ℹ Your local Internet connection seems to be ok.
#> ℹ DataSUS FTP server seems to be up and reachable.
#> ℹ Starting download...
#> Importados 4.628 registros.
#> Excluídos 1.253 (27,1%) registros de procedimentos obstétricos.
#> Excluídos NA (NA%) registros de AIH de longa permanência.
#> Exportados 3.375 (72,9%) registros.
nrow(ac.int)
#> [1] 3375
summary(ac.int$data.inter)
#>         Min.      1st Qu.       Median         Mean      3rd Qu.         Max. 
#> "2023-01-01" "2023-01-09" "2023-01-16" "2023-01-16" "2023-01-24" "2023-01-31" 
# Assim, há
nrow(ac.comp) - nrow(ac.int)
#> [1] -390
# internações registradas naquele mês de competência, mas que ocorreram antes.

# Internações ocorridas na Região Norte no mês de janeiro de 2023 e registradas naquele mês:
fetchcsap(2023, mesfim = 1, regiao = "N")
#> ℹ Your local Internet connection seems to be ok.
#> ℹ DataSUS FTP server seems to be up and reachable.
#> ℹ Starting download...
#> ℹ Your local Internet connection seems to be ok.
#> ℹ DataSUS FTP server seems to be up and reachable.
#> ℹ Starting download...
#> ℹ Your local Internet connection seems to be ok.
#> ℹ DataSUS FTP server seems to be up and reachable.
#> ℹ Starting download...
#> ℹ Your local Internet connection seems to be ok.
#> ℹ DataSUS FTP server seems to be up and reachable.
#> ℹ Starting download...
#> ℹ Your local Internet connection seems to be ok.
#> ℹ DataSUS FTP server seems to be up and reachable.
#> ℹ Starting download...
#> ℹ Your local Internet connection seems to be ok.
#> ℹ DataSUS FTP server seems to be up and reachable.
#> ℹ Starting download...
#> ℹ Your local Internet connection seems to be ok.
#> ℹ DataSUS FTP server seems to be up and reachable.
#> ℹ Starting download...
#> Importados 90.711 registros.
#> Excluídos 20.833 (23%) registros de procedimentos obstétricos.
#> Excluídos NA (NA%) registros de AIH de longa permanência.
#> Exportados 69.878 (77%) registros.
#>        munres munint   sexo idade fxetar5   csap    grupo    cid data.inter
#>        <char> <char> <fctr> <num>  <fctr> <fctr>   <fctr> <char>     <Date>
#>     1: 110020 110020   masc    31   30-34    não nao-CSAP   N288 2023-01-17
#>     2: 110020 110020    fem    63   60-64    sim      g08   J441 2023-01-03
#>     3: 110020 110020   masc    68   65-69    sim      g12    I64 2023-01-05
#>     4: 110020 110020   masc    34   30-34    não nao-CSAP    B24 2023-01-21
#>     5: 110020 110020    fem    49   45-49    sim      g01   B518 2023-01-23
#>    ---                                                                     
#> 69874: 171820 171820    fem    86  80 e +    não nao-CSAP    J18 2023-01-08
#> 69875: 170755 171820   masc    87  80 e +    não nao-CSAP    J18 2023-01-27
#> 69876: 171870 171610   masc    58   55-59    sim      g13   E145 2023-01-25
#> 69877: 171610 171610   masc     9     5-9    sim      g15   N390 2023-01-31
#> 69878: 170210 170210    fem     0     0-4    não nao-CSAP   K564 2023-01-11
#>        data.saida
#>            <Date>
#>     1: 2023-01-20
#>     2: 2023-01-06
#>     3: 2023-01-12
#>     4: 2023-01-31
#>     5: 2023-01-31
#>    ---           
#> 69874: 2023-05-14
#> 69875: 2023-02-06
#> 69876: 2023-02-03
#> 69877: 2023-02-01
#> 69878: 2023-01-11

# Internações anteriores a 2008 têm aviso de
# "arquivos antigos, que podem conter códigos incompatíveis"
fetchcsap(2008, uf = "AC")
#> ℹ Your local Internet connection seems to be ok.
#> ℹ DataSUS FTP server seems to be up and reachable.
#> ℹ Starting download...
#> Importados 49.010 registros.
#> Excluídos 14.968 (30,5%) registros de procedimentos obstétricos.
#> Excluídos NA (NA%) registros de AIH de longa permanência.
#> Exportados 34.042 (69,5%) registros.
#>        munres munint   sexo idade fxetar5   csap    grupo    cid data.inter
#>        <char> <char> <fctr> <num>  <fctr> <fctr>   <fctr> <char>     <Date>
#>     1: 120010 120010   masc     2     0-4    sim      g02    E86 2008-01-07
#>     2: 120025 120010   masc     0     0-4    sim      g02   A080 2008-01-14
#>     3: 120025 120010   masc    15   15-19    não nao-CSAP   B159 2008-01-15
#>     4: 120010 120010    fem    22   20-24    não nao-CSAP   N832 2008-01-14
#>     5: 120010 120010    fem    24   20-24    não nao-CSAP   N832 2008-01-12
#>    ---                                                                     
#> 34038: 120070 120070    fem     3     0-4    não nao-CSAP    R69 2008-12-31
#> 34039: 120040 120040   masc    40   40-44    não nao-CSAP   C152 2008-10-21
#> 34040: 120035 120040   masc    32   30-34    não nao-CSAP   C917 2008-11-12
#> 34041: 120040 120040   masc    73   70-74    não nao-CSAP   N188 2008-12-27
#> 34042: 120040 120040   masc    59   55-59    não nao-CSAP   I629 2008-11-01
#>        data.saida
#>            <Date>
#>     1: 2008-01-10
#>     2: 2008-01-17
#>     3: 2008-01-21
#>     4: 2008-01-17
#>     5: 2008-01-14
#>    ---           
#> 34038: 2009-01-01
#> 34039: 2009-04-03
#> 34040: 2009-04-29
#> 34041: 2009-02-23
#> 34042: 2009-03-05
fetchcsap(2007, uf = "AC")
#> ℹ Your local Internet connection seems to be ok.
#> ℹ DataSUS FTP server seems to be up and reachable.
#> ℹ Starting download...
#> → The following dates (yymm) are from old folders and may contain incompatible codes (including old ICD codes): 0701, 0702, 0703, 0704, 0705, 0706, 0707, 0708, 0709, 0710, 0711, 0712.
#> Importados 46.666 registros.
#> Excluídos 10.305 (22,1%) registros de procedimentos obstétricos.
#> Excluídos NA (NA%) registros de AIH de longa permanência.
#> Exportados 36.361 (77,9%) registros.
#>        munres munint   sexo idade fxetar5   csap    grupo    cid data.inter
#>        <char> <char> <fctr> <num>  <fctr> <fctr>   <fctr> <char>     <Date>
#>     1: 120025 120010   masc    33   30-34    sim      g01    B54 2007-01-05
#>     2: 120010 120010    fem    60   60-64    não nao-CSAP   N200 2007-01-18
#>     3: 120010 120010   masc    50   50-54    sim      g02    E86 2007-01-20
#>     4: 120010 120010    fem    45   45-49    não nao-CSAP   K810 2007-01-15
#>     5: 120025 120010   masc    75   75-79    sim      g11   I509 2007-01-15
#>    ---                                                                     
#> 36357: 120040 120040   masc    45   45-49    não nao-CSAP   F068 2007-12-03
#> 36358: 120040 120040   masc    72   70-74    não nao-CSAP   A488 2007-12-15
#> 36359: 120010 120040    fem     2     0-4    não nao-CSAP   A488 2007-12-25
#> 36360: 120040 120040   masc    48   45-49    não nao-CSAP   F319 2007-12-13
#> 36361: 120040 120040    fem    49   45-49    não nao-CSAP   I738 2007-11-22
#>        data.saida
#>            <Date>
#>     1: 2007-01-07
#>     2: 2007-01-21
#>     3: 2007-01-24
#>     4: 2007-01-18
#>     5: 2007-01-21
#>    ---           
#> 36357: 2008-01-16
#> 36358: 2008-01-28
#> 36359: 2008-01-01
#> 36360: 2008-01-27
#> 36361: 2008-01-28
if (FALSE) { # \dontrun{
microdatasus::fetch_datasus(2007, 1, 2007, 12, "AC", "SIH-RD")
} # }