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Baixa os arquivos da AIH e classifica as internações em CSAP

Source: R/fetchcsap.R
fetchcsap.Rd

Descarrega os "arquivos da AIH" (arquivos RD<UFAAMM>.DBC das Bases de Dados do Sistema de Informações Hospitalares do SUS - BD-SIH/SUS) do site FTP do DATASUS e classifica as internações segundo a Lista Brasileira de Condições Sensíveis à Atenção Primária.

Usage

fetchcsap(
  anoinicio,
  anofim = NULL,
  mesinicio = 1,
  mesfim = NULL,
  uf = "all",
  regiao = NULL,
  periodo = "interna",
  cep = FALSE,
  cnes = FALSE,
  ...
)

Arguments

anoinicio

Ano de competência da AIH para início da seleção dos dados, em formato numérico; sem padrão.

anofim

Ano de competência da AIH para fim da seleção dos dados, em formato numérico; por padrão é igual ao ano seguinte ao ano de início (anoinicio + 1).

mesinicio

Mês de competência da AIH para início da seleção dos dados, em formato numérico; por padrão é 1.

mesfim

Mês de competência da AIH para fim da seleção dos dados, em formato numérico; por padrão é 6 (junho). V. detalhes.

uf

Unidade da Federação. A sigla da UF ou um vetor com as siglas das UF de interesse, entre aspas e em letras maiúsculas. Para todo o Brasil (padrão), use "all".

regiao

Região administrativa do Brasil ("Grandes Regiões"). O padrão é NULL. Se usado, deve ser uma entre "N", "NE", "SE", "S" e "CO".

periodo

O período definido refere-se ao mês e ano de "competência" da AIH ou à data de internação? O padrão ("interna") é a internação. V. detalhes.

cep

CEP de internação.

cnes

Código CNES do estabelecimento que gerou a AIH.

...

Permite o uso de outros parâmetros de csapAIH.

Value

Um objeto de classes data.table e data.frame com as seguintes variáveis:

  • munres Município de residência do paciente

  • munint Município de internação do paciente

  • sexo Sexo do paciente

  • idade Idade do paciente em anos completos

  • fxetar5 Faixa etária quinquenal (0-4, ..., 76-79, 80 e +)

  • csap Internação por CSAP (sim/não)

  • grupo Grupo de causa da Lista Brasileira de ICSAP, ou "não-CSAP"

  • cid Diagnóstico principal da internação, segundo a Classificação Internacional de Doenças, 10ª Revisão

  • data.inter Data da internação

  • data.saida Data da alta

Details

- Período de download dos arquivos e de internação dos sujeitos.

  • Os "arquivos da AIH" são definidos por mês e ano de "competência", e não da data de internação. Assim, o arquivo de um determinado "mês de competência" pode incluir registros de internações ocorridas em outro mês ou ano, enquanto pode não incluir todos os casos ocorridos naquele mês. Por padrão, fetchcsap usa o argumento periodo = "interna" (e aceita suas abreviaturas periodo = "int" ou periodo = "i") para selecionar os casos por data de internação de acordo com o período definido nos argumentos anoinicio, mesinicio e anofim, de modo a iniciar no primeiro dia do ano e mês de competência (anoinicio e mesinicio) e terminar em 31 de dezembro do ano anterior ao definido em anofim. Para baixar apenas os arquivos do mês de competência do período desejado, use periodo = "competencia" (ou as abreviaturas "comp" ou "c").

  • Assim, por padrão, a função exige apenas a definição do ano de início dos casos. Se o usuário definir apenas esse argumento, fetchcsap fará o download e leitura dos arquivos (de todo o Brasil) de todos os meses até junho do ano seguinte para então selecionar as internações ocorridas no ano definido em anoinicio.

- fetchcsap é apenas uma abreviatura para um uso específico da função fetch_datasus, do pacote microdatasus, de Raphael Saldanha. Funciona apenas com o SIH/SUS, através do argumento information_system = "SIH-RD", e faz apenas o download das variáveis exigidas pela função csapAIH, i.e., DIAG_PRINC, NASC, DT_INTER, DT_SAIDA, IDADE, COD_IDADE, MUNIC_RES, MUNIC_MOV, SEXO, N_AIH, PROC_REA, IDENT, CEP, CNES.

See also

csapAIH, fetch_datasus

Examples

# Internações de todo o Brasil, ocorridas no ano de 2023 e registradas até jun/2024:
# Colocando apenas o ano, único argumento obrigatório, a função executa o
# download dos arquivos RD??????.DBC de todas as UF de jan/2023 a jun/2024 e
# então extrais apenas os registros com data de internação em 2023.
if (FALSE) { # \dontrun{
  fetchcsap(2023)
} # }
# Diferença entre o mês e ano de "competência" da AIH e a data de internação da pessoa,
# exemplo com as internações em Roraima:
# - todas as internações registradas no mês de competência jan 2023:
rr.comp <- fetchcsap(2023, uf = "RR", mesfim = 1, periodo = 'competencia')
#> ℹ Discovering available files on DataSUS...
#> ℹ Preparing to download and read 1 DataSUS file...
#> ℹ Downloading [1/1] RDRR2301.dbc...
#> ℹ Reading [1/1] RDRR2301.dbc...
#> ✔ Downloaded and read 1 of 1 DataSUS file.
#> Importados 4.734 registros.
#> Excluídos 1.166 (24,6%) registros de procedimentos obstétricos.
#> Excluídos NA (NA%) registros de AIH de longa permanência.
#> Exportados 3.568 (75,4%) registros.
nrow(rr.comp)
#> [1] 3568
summary(rr.comp$data.inter)
#>         Min.      1st Qu.       Median         Mean      3rd Qu.         Max. 
#> "2022-07-07" "2022-10-27" "2022-11-24" "2022-11-27" "2023-01-01" "2023-01-30" 
# - internações ocorridas em jan/2023 e registradas nos meses de competência
# janeiro a junho de 2023:
rr.int <- fetchcsap(2023, mesfim = 1, uf = "RR")
#> ℹ Discovering available files on DataSUS...
#> ℹ Preparing to download and read 6 DataSUS files...
#> ℹ Downloading [1/6] RDRR2301.dbc...
#> ℹ Reading [1/6] RDRR2301.dbc...
#> ℹ Downloading [2/6] RDRR2302.dbc...
#> ℹ Reading [2/6] RDRR2302.dbc...
#> ℹ Downloading [3/6] RDRR2303.dbc...
#> ℹ Reading [3/6] RDRR2303.dbc...
#> ℹ Downloading [4/6] RDRR2304.dbc...
#> ℹ Reading [4/6] RDRR2304.dbc...
#> ℹ Downloading [5/6] RDRR2305.dbc...
#> ℹ Reading [5/6] RDRR2305.dbc...
#> ℹ Downloading [6/6] RDRR2306.dbc...
#> ℹ Reading [6/6] RDRR2306.dbc...
#> ✔ Downloaded and read 6 of 6 DataSUS files.
#> Importados 4.156 registros.
#> Excluídos 1.044 (25,1%) registros de procedimentos obstétricos.
#> Excluídos NA (NA%) registros de AIH de longa permanência.
#> Exportados 3.112 (74,9%) registros.
nrow(rr.int)
#> [1] 3112
summary(rr.int$data.inter)
#>         Min.      1st Qu.       Median         Mean      3rd Qu.         Max. 
#> "2023-01-01" "2023-01-08" "2023-01-16" "2023-01-15" "2023-01-24" "2023-01-31" 
# Assim, há
nrow(rr.comp) - nrow(rr.int)
#> [1] 456
# internações registradas naquele mês de competência, mas que ocorreram antes.

# Internações ocorridas na Região Norte no mês de janeiro de 2023 e registradas naquele mês:
if (FALSE) { # \dontrun{
fetchcsap(2023, mesfim = 1, regiao = "N")
} # }

# Internações anteriores a 2008 carregam do pacote microdatasus os avisos de
# "arquivos antigos, que podem conter códigos incompatíveis"
if (FALSE) { # \dontrun{
microdatasus::fetch_datasus(2007, 1, 2007, 12, "RR", "SIH-RD")
fetchcsap(2007, uf = "RR")
} # }